Ispaniyalik istilochi Don Nuño Beltran de Guzmanning o'sha hududlar ustidan hukmronligi va qudratini oshirish uchun mamlakatning g'arbiy yerlariga doimiy ravishda bostirib kirishi natijasida Yangi Galisiya qirolligi deb nomlangan yangi viloyat tashkil topdi.
Mintaqada turli xil mahalliy guruhlar yashagan va ular ispaniyaliklar u erda asos solgan aholi punktlarini doimiy ravishda buzib tashlagan. Nunyo de Guzman leytenanti, kapitan Xuan B. de Onate o'sha viloyatlarni tinchlantirish va Nochistlan nomli joyda Villa de Guadalajarani tashkil etish to'g'risida buyruq oldi, bu haqiqat u 1532 yil 5-yanvarda tugatgan. Shaharga tez-tez mahalliy hujumlar uyushtirilganligi sababli. u bir yil o'tib Tonalaga va keyinroq Tlacotlanga ko'chib o'tishi kerak edi. Uchinchi transfer Atemajak vodiysida joylashgan bo'lib, u erda shahar 1542 yil 14 fevralda aniq tashkil etilgan bo'lib, Cristobal de Onate Yangi Galisiya va Don Antonio de Mendoza hokimi sifatida ishtirok etgan, keyin Migel de Ibarrani meri va leytenant-gubernator etib tayinlagan Yangi Ispaniyaning noibi.
Shahar tez rivojlanib, o'sha paytda diniy va fuqarolik kuchlarining qarorgohi bo'lgan Compostela (bugungi Tepic) bilan raqobatlasha boshladi, shu sababli Gvadalaxara aholisi Audiencia hokimiyatiga shunday bosim o'tkazdi, qirol Felipe II Komposteladan Guadalaxaraga, soborga, qirollik sudiga va G'aznachilik xodimlariga ko'chib o'tishi uchun 1560 yil 10 mayda Sertifikat berishga qaror qildi.
Shahar tuzilishi boshqa mustamlaka shaharlariga ko'ra rejalashtirilgan edi, shuning uchun uning rejasi San-Fernando maydonidan shaxmat taxtasi shaklida ishlab chiqilgan. Keyinchalik Mexicaltzingo va Analco mahallalari Fray Antonio de Segovia tomonidan va Mezquitán mahallasi tomonidan tashkil qilingan. Shahar hokimligi uylari, hozirgi San-Agustin ibodatxonasi va Adolat saroyi joylashgan birinchi cherkov cherkovi qarshisida ham qurilgan.
Bugungi kunda mustamlaka binolarida serhosil shahar, me'mor Martin Casillas tomonidan 1561 va 1618 yillarda qurilgan sobor, masalan, uning sobori kabi ko'plab tegishli me'moriy namunalarni namoyish etmoqda. Uning uslubi boshlang'ich barok deb tasniflangan. Uning mustahkam tuzilishi bugungi Gvadalaxara Plazasi oldida ko'tarilib, qiziquvchan minoralari bilan, garchi ular binoning asl uslubiga tegishli bo'lmasa-da, hozirgi vaqtda Gvadalaxara poytaxtining ramzi sifatida tan olingan. Ibtidoiy minoralar 19-asrda zilzila natijasida vayron qilingan edi, shuning uchun ham bugun qo'shilgan binolar qo'shilgan. Ma'badning ichki qismi yarim gotik uslubda, shu jumladan uning danteldan yasalgan tonozlari.
XVI asrning boshqa diniy uchastkalari San-Frantsiskodagi monastir bo'lib, 1542 yilda daryo yaqinida, Analko mahallasida tashkil etilgan va islohot natijasida deyarli vayron qilingan. Uning ibodatxonasi 17-asrning oxirida ta'mirlangan, o'zining sodda Sulaymon chizig'idan iborat barokko jabhasi bilan saqlanib qolgan. San Agustin monastiri, 1573 yilda Felipe II Qirollik farmoni bilan tashkil etilgan va hozirda o'zining ma'badini qattiq Gerrerian chiziqlari jabhasi bilan va ichki qismini qovurg'ali tonozlar bilan saqlaydi.
Monastir poydevorlaridan yana biri Santa-Mariya-de-Graciya, 1590 yilda San Agustin Plazasi oldida qurilgan va pulini Ernan Gomes de la Peena tomonidan to'lagan Pueblaning Dominikan rohibalari tomonidan ishg'ol qilingan. Qurilish oltita blokni egallab oldi, garchi bugungi kunda uning ibodatxonasi davom etmoqda, 18 asrning ikkinchi yarmidan neoklassik jabhada.
